Am 13.11.1993 wurde die Kirche von Kurunagar von SLAF-Jets bombardiert. Dieser Bombenangriff wurde von den führenden Politikern der Welt verurteilt. Die Säulen, die die Haupthalle stützen, wurden in Stücke gerissen und werden noch heute in der Nähe des Altars aufbewahrt. Außerdem wurde in der Nähe des Eingangs der Kirche ein Denkmal für die Opfer des Bombenangriffs errichtet. Zehn Menschen wurden getötet und weitere 25 wurden verletzt. Die Kirche wurde schwer beschädigt.

Vor und nach dem Bombenanschlag auf die Kirche wurde eine Reihe von Bombenanschlägen gemeldet. Am 12. November 1993 wurde das Bezirkssekretariat von Yaalppanam (auch als Kachcheri bekannt) bombardiert und der Bezirkssekretär (auch als Regierungsvertreter oder GA bekannt) wurde ebenfalls verletzt. Am Abend desselben Tages, an dem die Bombenanschläge auf die Kirche verübt wurden, wurde das Nanthavil Amman Koyil in Kokuvil bombardiert und am nächsten Tag, dem 14. November 1993, das Vairavar Koyil in Varany.

Der letztgenannte Tempel wurde vollständig zerstört. Mehrere Eelamtamilen wurden verletzt und mehrere Häuser in der Nähe wurden ebenfalls beschädigt. Am 14. November 1993, dem Tag nach dem Bombenanschlag auf die Kirche, wurden auch Bomben im Umkreis von 50 Metern um den Eingang des Allgemeinen Krankenhauses von Yaalppanam abgeworfen, das in der Hochsicherheitszone des Krankenhauses liegt. Krankenhäuser in Killinochchi und Mulliawalai wurden am 15. November 1993 bombardiert.  

Am 3. Dezember 1993 fand ein stiller Protestmarsch der örtlichen Bevölkerung statt, der von der Kirche zum Büro des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz (IKRK) und zum Bezirkssekretariat führte. Ein Teilnehmer erinnerte sich, dass einige Demonstranten ihre Münder mit schwarzen Tüchern bedeckt und Transparente getragen hatten. Am Abend des Protesttages wurden erneut Gebiete in der Nähe der Kirche bombardiert, was zum Tod von mindestens acht Eelamtamilen, zu Verletzungen vieler anderer und zur Beschädigung von Geschäften führte. Ein Kirchenführer sagte, dass am Abend des 3. Dezember nach dem Protest eine Granate in sein Haus gefallen sei. 

Verfügbare Namen von Eelamtamilen, die in der Kirche von Kurunagar getötet wurden:

Mery Jeyaseeli Thasiyas, Hausfrau 50, Anton Anchsala, Hausfrau 40, Kuroos Akkines Rentner 60, JohnLooththu Seviyar, Arbeiter 45, Aarokianathar Silvan Sajeevan, Schüler 18, Anton Puspaleela, Hausfrau 41, Mery Sinthuya Mathuranayakam, Kleinkind - 2 ½, Singarasa Jujin Kamalitta, Studentin 15, Kabirial Anton, Fischer, 48, Akkines Kurusupillai 80, Mery Vennila Antonipillai, Lehrerin 27, Singarayar Jani Kanoji, Schülerin 08.