Am 18. November 2006, gegen 10.30 Uhr, näherten sich Angehörige der Armee der Regierung Sri Lankas (GOSL) von mehreren Seiten dem Gelände der Landwirtschaftsschule in Thandikulam, Vavuniya, und schossen mit scharfer Munition in die Luft. Mehrere Schüler in Uniform befanden sich zu diesem Zeitpunkt im Praktikum. Als sie die Schüsse hörten, gingen die Schüler in Deckung, indem sie sich flach auf den Boden legten.

Beim Betreten des Schulgeländes hatten Angehörige der Armee der GOSL die Schüler aufgefordert, aufzustehen. Zu diesem Zeitpunkt stand ein Schüler, Ramachandran Atchuthan, auf und erklärte, dass alle Anwesenden Schüler der besagten Schule seien und in keiner Weise mit einem früheren Claymore-Minen-Angriff auf ein Fahrzeug der srilankischen Armee in Verbindung stünden.

In dieser Phase schossen die Angehörigen der GOSL-Armee Atchuthan aus nächster Nähe in den Kopf. Anschließend wurden drei weitere Studenten, Gopinath aus Thirukonamalai, Rizwan Mohammed aus Mattakalappu, Thirunamam Sinthujan aus Vavuniya und Sangaralingam Sinthujan, ebenfalls durch Schüsse getötet. Die Angehörigen der GOSL-Armee eröffneten daraufhin wahllos das Feuer auf die übrigen Schüler und verletzten zehn Schüler, darunter sechs Mädchen, schwer.

Die Soldaten, die das Schulgelände betraten, kamen von dem Kontrollposten in der Soya Lane. Der Magistrat von Vavuniya, M. Ilancheliyan, besuchte das Krankenhaus von Vavuniya und führte erste Untersuchungen durch. Thandikulam befindet sich 4 km nördlich von Vavuniya an der A9. Omanthai liegt etwa 17 km nördlich von Vavuniya.